Na strukturę Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu składa się działalność 4 Instytutów, 24 samodzielnych katedr naukowych i 9 zakładów naukowych.

Instytut Filozofii Chrześcijańskiej ma 4 katedry:

• Filozofii Systematycznej,
• Historii Filozofii,
• Antropologii Filozoficznej,
• Etyki oraz Psychologii.

W ramach Instytutu Historii Kościoła działają również 4 katedry:

• Historii Kościoła w Starożytności i Patrologii,
• Historii Kościoła w Średniowieczu,
• Historii Kościoła w czasach Nowożytnych i Współczesnych,
• Historii Kościoła na Śląsku.

Zasoby naukowe Instytutu Teologii Systematycznej to 11 katedr:

• Egzegezy Ksiąg Starego Testamentu,
• Egzegezy Ksiąg Nowego Testamentu,
• Teologii Biblijnej,
• Teologii Fundamentalnej i Religiologii,
• I Katedry Teologii Dogmatycznej,
• II Katedry Teologii Dogmatycznej,
• Eklezjologii i Sakramentologii,
• Historii Dogmatów i Ekumenizmu,
• Teologii Moralnej Ogólnej,
• Teologii Moralnej Szczegółowej,
• Teologii Duchowości.

Natomiast Instytut Teologii Praktycznej posiada 5 katedr, a mianowicie: Teologii Praktycznej i Duszpasterstwa Rodzin, Katolickiej Nauki Społecznej i Socjologii Duszpasterstwa, Prawa Kanonicznego, Katechetyki i Pedagogiki oraz Katedrę Liturgiki, Homiletyki i Kultury Muzycznej Kościoła.

Działa również 9 Zakładów Naukowych: Archiwum i Muzeum Diecezjalnego, Biblistyki, Filozofii, Teologii Dogmatycznej, Teologii Moralnej, Dydaktyki i Pedagogiki, Homiletyki i Liturgiki oraz Psychologii.

Na pierwszym i drugim etacie Papieski Wydział Teologiczny we Wrocławiu zatrudnia 35 samodzielnych pracowników naukowych, w tym 21 profesorów, 12 profesorów nadzwyczajnych, 2 doktorów habilitowanych; 39 doktorów-adiunktów, 11 asystentów i wykładowców oraz 7 pracowników prowadzących wykłady zlecone i lektoraty języków nowożytnych.

30 września 2008 r. Rada Wydziału PWT powołała do istnienia Studium Języków Biblijnych i Nowożytnych.

Badania naukowe odzwierciedlają specyfikę problemów filozoficzno-teologicznych, dialogu ekumenicznego, etyczno-moralnych aspektów najnowszych badań i praktyk genetyczno-medycznych, miejsca teologii w środowisku wrocławskim, organizacji kościelnej Dolnego Śląska oraz współdziałania środowiska teologicznego ze świeckimi dyscyplinami nauki polskiej.

Papieski Wydział Teologiczny we Wrocławiu dysponuje biblioteką specjalistyczną, która mieści się w gmachu Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego we Wrocławiu (pl. Katedralny 14) oraz czytelnią studencką mieszczącą się w budynku Wydziału (pl. Katedralny 1).

Zasoby biblioteczne są skatalogowane i można korzystać z sieci komputerowej, co zdecydowanie ułatwia praktyczne czerpanie z zasobów księgozbioru.

Warto nadmienić, że Biblioteka Papieskiego Wydziału Teologicznego należy do Federacji Bibliotek Kościelnych FIDES, prowadzącej oficjalny „serwis” bibliotecznego oprogramowania MAK, którego twórcą jest Biblioteka Narodowa.

FIDES zrzesza obecnie 92 biblioteki kościelne, a została erygowana przez Konferencję Episkopatu Polski 18 marca 1995 roku, choć de facto istnieje już od 1991 roku. Podczas VII zgromadzenia Federacji (12.VI.2001) nowym przewodniczącym FIDES został ks. dr Jerzy Witczak, Dyrektor Biblioteki Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu.